
Com a crise do bloco socialista, no final dos anos 1980, uma nova fase se abriu para a história da Iugoslávia. Em 1991, Croácia, Eslovênia e Macedônia declararam sua independência, sendo que apenas esta última de maneira pacífica. A separação da Croácia e da Eslovênia foi acompanhada por intensos conflitos militares liderados pelo então presidente sérvio Slobodan Milosevic. Em 1992, a Bósnia declarou sua independência, passando a enfrentar militarmente a Croácia, em disputa por territórios, e sobretudo a Sérvia, contrária ao movimento separatista de mais uma região iugoslava.
Em 1998, foi a vez de Kosovo, província ao sul da sérvia, lutar por sua independência. O problema na região era mais delicado pelo fato de o território de Kosovo ser considerado berço cultural e religioso para os sérvios. Nos três meses de conflito, que cessaram após a intervenção de tropas da OTAN, uma verdadeira limpeza étnica contra os albaneses - 90% da população de Kosovo - foi promovida por Milosevic, então presidente da antiga Iugoslávia. A partir de 1998, Kosovo passou a ser administrada pela ONU, tendo declarado unilateralmente sua independência em fevereiro de 2008, fato que gerou conflitos diplomáticos ligados ao reconhecimento do novo país.
Em 2003, o nome Iugoslávia deixou de ser adotado. O país passou a se chamar Sérvia e Montenegro. Três anos depois, em referendo popular, os montenegrinos decidiram pela independência da região. Nos dias atuais, portanto, todas as antigas repúblicas que formavam a ex-Iugoslávia são países independentes, incluindo Kosovo.
Quanto a Milosevic, após deixar o cargo, em 2000, foi levado ao Tribunal Internacional de Haia, na Holanda, acusado de cometer crimes de guerra durante os conflitos na Bósnia e em Kosovo. Em março de 2006, o ex-presidente iugoslavo foi encontrado morto numa unidade de detenção do tribunal.
